На каждой кафедре института ведётся научная работа согласно их специализации. Под руководством д.в.н., профессора И. И. Гуславского ученые-эпизоотологи проводят исследования по изучению инфекционной патологии. Ретроспективный анализ за последние 50 лет и эпизоотологический мониторинг позволил изучить особенности распространения инфекционных болезней, регистрируемых на территории Алтайского края. Проведена систематизация 48 инфекционных болезней. Изучены показатели интенсивности эпизоотического процесса, что позволяет определить характер распространения опасных болезни и прогнозировать их динамику, с разработкой противоэпизоотических мероприятий и использованием новой схемы специфических мер.

Значительный раздел научных исследований посвящён изучению морфофункциональных особенностей маралов, обитающих в Алтайском крае. Уже много лет научную работу в этом направлении возглавляет д.в.н., профессор Малофеев Ю.М. Под его руководством создана известная школа морфологов и защищено более десятка кандидатских и докторских диссертаций.

Заведующий кафедрой терапии и фармакологии д.в.н., А. Требухов возглавляет научную школу по изучению незаразной патологии сельскохозяйственных животных. В частности, большое внимание уделяется болезням, связанным с нарушением обмена веществ.

Профессор, д.в.н. Пономарёв Н.М. ведёт научную работу по изучению паразитарных заболеваний животных в Алтайском крае.

По отдельным зооантропонозным болезням ведутся наиболее глубокие исследования. Актуальны эпизоотологические исследования по лептоспирозу, бешенству, сибирской язве и инфекционным болезням домашних и диких птиц, которыми руководит заведующий кафедрой микробиологии, эпизоотологии, паразитологии и ВСЭ, д.в.н., профессор П.И. Барышников.

В области ветеринарной хирургии научную работу возглавляет декан факультета д.в.н. Медведева Л.В. Под её руководством аспиранты и студенты проводят лечебные, учебные и экспериментальные операции на мелких и крупных домашних животных. Разрабатывают новые методы соединения тканей и способы профилактики послеоперационных осложнений.

Выпускники факультета

Выпускники факультета ветеринарной медицины работают практически в каждой сельскохозяйственной организации Алтайского края, большинство преподавателей и сотрудников факультета – это тоже бывшие студенты ветеринарного факультета. Среди выпускников Огнёв С.И. – бывший министр сельского хозяйства Республики Алтай, профессор Луницин В.Г. – директор ВНИИПО.