На заседаниях учёного совета, проводимых 6-8 раз в год, принимаются стратегические решения по образовательной и научной деятельности, рассматриваются итоги социально-экономического развития вуза. Учёный совет рассматривает кадровые вопросы, связанные с проведением выборов деканов и заведующих кафедрами, конкурсного отбора на должности профессоров и доцентов, представлением к присвоению учёных званий, награждением государственными и отраслевыми наградами. Ставшая традиционной торжественная церемония вручения наград и поощрений на заседаниях учёного совета АГАУ усиливает их социальную значимость.
Председателями учёного совета всегда были ректоры вуза, а учёными секретарями совета в разные годы работали А. И. Колобова, Р. И. Самохвалова, А. М. Маркова, М. Л. Акишина и С. Н. Пенчева. В настоящее время председатель учёного совета — ректор АГАУ, доктор сельскохозяйственных наук, доцент Колпаков Николай Анатольевич. Учёный секретарь учёного совета — кандидат ветеринарных наук, доцент Наталья Дмитриевна Дорохова.