Значение Флобера в истории французской литературы настолько велико, что с трудом поддаётся оценке. Он вывел в литературу целый ряд молодых талантливых прозаиков, в том числе Ги де Мопассана. Романы писателя, особенно "Мадам Бовари", содействовали открытию целых направлений и жанровых форм. Считается, что отточенная техника описаний Флобера повлияла даже на художественную школу импрессионистов. В 1856 году в одном из парижских журналов вышел его роман "Мадам Бовари", который произвёл фурор как в литературных, так и в общественных кругах. Над своим главным романом писатель работал на протяжении шести лет. Главной темой книги стал вечный конфликт между иллюзией и реальностью, жизнью придуманной и подлинной. Но для раскрытия этой темы Флобер использовал не благородные порывы романтического героя, а трагические мечтания заурядной мещанки. Писателя и редакторов журнала, давших разрешение на публикацию скандального романа, привлекли к суду за оскорбление общественной нравственности. После сенсационного судебного разбирательства Флобер был оправдан. Скандал вокруг "аморального" романа поставил его в первые ряды зарождающегося литературно движения "натуралистов", в то время, как сам литератор называл себя "последним романтиком". В 1864 году Ватикан запретил роман "Мадам Бовари" и внёс его в список запрещенных книг. "Мучеником и фанатиком стиля" - так называет Флобера большинство авторов воспоминаний и исследований. Стиль - важнейшее понятие его эстетики. Литератор полагал, что для того, чтобы овладеть стилем, художник должен исчезнуть из своего произведения, убрать оттуда предвзятость, личные чувства или переживания, он должен стать единым и беспристрастным властелином своего мира.

Именно Флоберу принадлежит знаменитое выражение "башня из слоновой кости", ставшее своеобразным символом одинокой жизни художника. Несмотря на полное неприятие буржуазного строя в своей стране, Флобер исполняет свой гражданский долг во время франко-прусской войны в 1848 году и вступает в ряды национальной гвардии в чине лейтенанта. Флобера связывала тесная дружба с Иваном Тургеневым. Каждый приезд Тургенева в родовое поместье Флоберов в Круассе был для французского писателя, ведшего затворнический, почти монашеский образ жизни, настоящим праздником.