Научные направления, реализуемые на факультете:

1. Оценка почв, прогнозирование состояния почвенного плодородия, рациональное использование земельных ресурсов;
2. Разработка приемов эффективного использования средств химизации в земледелии;
3. Высокоэффективное, адаптированное к рынку и местным условиям системное земледелие и энергосберегающие технологии возделывания с-х. культур, биологизация земледелия и минимизация обработки почв;
4. Адаптивный потенциал яровых зерновых и кормовых культур на зональных и засоленных почвах;
5. Совершенствование технологий выращивания посадочного материала и производства плодов, ягод и овощей.

Научно-производственное и образовательное сотрудничество.

Преподаватели и аспиранты агрономического факультета являются соисполнителями многих государственных, региональных, межотраслевых и отраслевых научных программ.

В последние годы учёными факультета проводятся научные исследования в области фундаментальных наук по проектам РГНФ и РФФИ,

по тематикам определенным заданиями Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, выполняются гранты по выполнению научно-исследовательских работ для краевых государственных нужд. Среди особо значимых можно отметить научно-исследовательскую работу д.с-х.н, профессора кафедры почвоведения и агрохимии О. И. Антоновой («Технология возделывания льна-межеумка (масличного) в Алтайском крае»).

Учёные университета участвуют в совместных международных научных проектах. Это научный проект «Влияние климатических изменений на сельскохозяйственные экосистемы Алтайского края, Россия» в котором принимает активное участие д.с-х.н, профессор кафедры почвоведения и агрохимии Е.Г. Пивоварова. Иностранная организация, участвующая в проекте — Университет штата Мичиган, США. Источник финансирования — грант Американского фонда гражданских исследований и развития (U.S.Civilian Research and Development Foundation — CDRF) и Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ).

Преподаватели агрономического факультета тесно сотрудничают с учеными из ГНУ Алтайский НИИСХ Россельхозакадемии, ГНУ НИИСС им. М.А. Лисавенко Россельхозакадемии, ГНУ Западно-Сибирская овощная опытная станция ВНИИО РАСХН и с другими научными учреждениями.