МИССИЯ АГАУ — качественная подготовка, переподготовка, повышение квалификации специалистов и научных работников аграрного профиля. А также генерирование актуальных научных знаний на основе интеграции аграрной науки и аграрного образования, обмена передовым опытом и опережающего практического воплощения научных рекомендаций для обеспечения условий формирования инновационного конкурентоспособного агропромышленного комплекса и устойчивого социально-экономического развития Сибирского федерального округа как стратегически важного для продовольственной безопасности России региона.

Алтайский государственный аграрный университет является крупным научно-образовательным центром региона. АГАУ — интегратор не только аграрного образования Алтайского края, но и аграрной науки, обмена передовым опытом и практического внедрения научных рекомендаций в агропромышленный комплекс; активный участник социально-экономического развития сельских муниципальных образований.
Для усиления конкурентоспособности вуза в университете действует и постоянно совершенствуется система менеджмента качества (СМК), которая обеспечивает основные параметры планирования, организации и мотивации образовательного процесса, контроля, оценки и регулирования качества подготовки выпускников. Отдел методического обеспечения и качества образования занимается внедрением
элементов этой системы в деятельность университета; на каждом факультете осуществлена подготовка специалистов, обеспечивающих разработку и внедрение СМК. Кроме того, в университете действует «Положение о повышении квалификации научнопедагогических работников университета», в соответствии с которым повышение квалификации в стенах вуза и в ведущих высших учебных заведениях страны ежегодно проходит от 110 до 160 человек.