С целью содействия инновационному развитию аграрной науки и образования, агропромышленного комплекса региона в университете созданы научно-исследовательский институт экономики и развития
АПК и инновационный центр. Руководит ими д.э.н., профессор Валентина Александровна Кундиус. Работой студенческого бизнес-инкубатора, входящего в состав центра, руководит Виктория Николаевна Санталова.
Центр оказывает содействие инновационной, научно-внедренческой деятельности АГАУ, организации малых хозяйственных (инновационных) предприятий. В центре разрабатываются предложения, касающиеся перспектив развития и стратегии инновационной деятельности вуза, инновационные проекты, конкурсная документация для получения грантов.
Центр оказывает информационно-консультационные услуги практикам по внедрению результатов НИОКР и разработке инновационных бизнес-проектов, бизнеспланов на договорной основе с хозяйствами, организациями, интегрированными объединениями, индивидуальными предпринимателями.
Студенческий бизнес-инкубатор реализует программу «Малая Родина» во взаимодействии с администрациями муниципальных образований. Студенты и аспиранты под руководством учёных, преподавателей разрабатывают бизнес-проекты решения важных для развития сельских территорий экономических проблем, занимая призовые места в конкурсах, получая гранты на развитие.
Бизнес-образование — один из основных видов деятельности центра, который имеет лицензию на ведение программы международного уровня МБА. Здесь организовано проведение обучающих семинаров,
бизнес-тренингов, повышение квалификации и обучение по программам малого бизнеса, реализуется программа РФ «Ты — предприниматель».